UTICAJ TEMPERATURE SKLADIŠTENJA NA KVALITET I KVANTITET DNK IZOLOVANE IZ LISTA KUKURUZA
Sažetak
Cilj ovog istraživanja je bio ispitivanje efekta temperature skladištenja listova kukuruza i iz njih izolovane DNK na njen kvalitet i kvantitet radi efikasnog PCR umnožavanja. Listovi su uzeti sa biljaka starih četiri nedelje koji su podeljeni u tri grupe od 20 uzoraka. Prva grupa je analizirana odmah, dok su druge dve su čuvane 30 dana na -20°C i -80°C. DNK izolovana iz svežih listova je podeljena u tri grupe, od kojih je prva analizirana odmah, a druge dve su skladištene 30 dana na -20°C i -80°C. Kvalitet i kvantitet DNK određene su na biospektrofotometru, nakon čega su uzorci razblaženi za PCR. Kvalitet svih DNK uzoraka bila je na zadovoljavajućem nivou sa prosečnim vrednostima odnosa OD260/280 od 1.85 do 1.87. Koncentracija DNK koja je izolovana odmah iz svežih listova nije se statistički razlikovala od uzoraka koji su čuvani 30 dana. I kvalitet i kvantitet DNK u svim uzorcima bili su dovoljni za uspešno PCR umnožavanje pomoću dva molekularna markera specifična za opaque2 gen. Pomoću markera phi057 umnožen je fragment od ~170bp kod QPM i ~160bp kod linije koja nije QPM, dok je pomoću markera umc1066 dobijen fragment od ~150bp kod QPM i ~160-170bp kod ne-QPM. Rezultati su potvrdili da odgovarajući uslovi čuvanja ne utiču ni na kvalitet ni na kvantitet DNK. Ovo može biti korisno u selekciji pomoću molekularnih markera kada veliki broj uzoraka mora biti obrađen pre polinacije, što omogućuje selekcionerima da odbace biljke bez željenih alela i smanjuje obim populacije koju treba testirati.
Reference
Adetumbi, J. A., Daniel, I. O., Oyelakin, O. O., Akande, S. R., & Moronkola, D. (2013). Comparative assessment of quality of genomic DNA extracted from Maize (Zea mays) seed and leaf. Agricultural Science Research Journals, 3 (2), 67-71.
Begna. T. (2020). Challenges and Progresses of Molecular Plant Breeding in Crop Improvement. International Journal of Research in Agricultural Sciences, 7 (2), 110-123.
Dellaporta, S. L., Wood, J. & Hicks, J. B. (1983). A plant DNA mini preparation version II. PMB Reporter, 4, 19-21.
Dorokhov, D. B., & Klocke, E. A. (1997). A Rapid and Economic Technique for RAPD Analysis of Plant Genomes. Genetika-Belgrade, 33 (4), 443-450.
Doyle, J. J. & Doyle, J. L. (1987). A rapid DNA isolation procedure for small quantities of fresh leaf tissue. Phytochemical Bulletin, 19, 11–15.
Eathington, S. R., Crosbie, T. M., Edwards, M., Reiter, R. S. & Bull, J. K. (2007). Molecular markers in a commercial breeding program. Crop Science, 47, 154-163.
Gryson, N. (2010). Effect of food processing on plant DNA degradation and PCR-based GMO analysis: a review. Analytical and Bioanalytical Chemistry, 396, 2003-2022.
Ignjatovic-Micic, D., Kostadinovic, M., Bozinovic, S., DJordjevic Melnik, O., Stankovic, G., Delic, N., Vancetovic, J. (2020). Evaluation of temperate quality protein maize (QPM) hybrids for field performance and grain quality. Chilean Journal of Agricultural Research, 80 (4), 598-607.
Kostadinovic, M., Ignjatovic-Micic, D., Vancetovic, J., Ristic, D., Bozinovic, S., Stankovic, G., Mladenovic Drinic, S. 2016. Development of high tryptophan maize near isogenic lines adapted to temperate regions through marker assisted selection - impediments and benefits. PLoS One 11 (12).
Abdel-Latif, A. & Osman, G. (2017). Comparison of three genomic DNA extraction methods to obtain high DNA quality from maize. Plant Methods, 13, 1.
Meyer, R. (2003). Detection methods for genetically modified crops. In Heller, K.J. (Eds), Genetically engineered food: Methods and detection, (pp. 188-200). Weinheim: Wiley-VCH GmbH and Co. KGaA.
Saghai-Maroof, M. A., Soliman, K. M., Jorgensen, R. A. & Allard, R. W. (1984). Ribosomal DNA spacer-length polymorphisms in barley: Mendelian inheritance, chromosomal location, and population dynamics. Proceedings of the National Academy of Sciences, 81, 8014–8019.
Samoo, I. T., Khatri, P., Bhutto, B., Tariq, M., Chandio, I., Soomro, M., Ali S., & Shams S. (2017). Effect of Temperature and Storage Time on DNA Quality and Quantity from Normal and Diseased Tissues. Journal of Basic & Applied Sciences, 13, 203-206.
Sarwat, M., Negi, M., Lakshmikumaran, M., Tyagi, A. (2006). A standardized protocol for genomic DNA isolation from Terminalia arjuna for genetic diversity analysis. Electronic Journal of Biotechnology, 9, 86–91.
Vahdani, M., Sahari, M. A., Tanavar, M. (2024). Quantitative and qualitative analysis of three DNA extraction methods from soybean, maize, and canola oils and investigation of the presence of genetically modified organisms (GMOs). Food Chemistry: Molecular Sciences, 8, 100201.
Vivekananda, Y., Thangjam, K., Brajendra, N., & Laishram, J. M. (2018). A simple modified DNA extraction method of maize. International Journal of Agricultural Science and Research, 8 3, 67-72.