Ušteda testova udruživanjem uzoraka
Sažetak
Uvod/cilj: Svrha algoritama grupnog testiranja jeste da obezbjede racionalizaciju resursa. Stoga, očekuje se da se njihovim korišćenjem mogu, takođe, ostvariti određene uštede pri masovnom testiranju RT(q)PCR metodom radi identifikacije zaraženih virusom SARSKoV2.
Metode: Predočena su dva pristupa neadaptivnog grupnog testiranja zasnovanog na udruživanju uzoraka, u anglojezičnoj literaturi poznatom kao pooling design: Hvangov algoritam uopštenog cijepanja i matrična strategija.
Rezultati: Uz diskusiju dobrih i loših strana navedene su i ocjene maksimalnog broja testova. Matrična strategija predstavljena je svojevrsnom modifikacijom koja smanjuje pomenutu ocjenu, a, s druge strane, ne utiče mnogo na kompleksnost procedure, što je značajno za njenu primjenu u praksi.
Zaključak: Uzimajući u obzir trenutnu situaciju, ima smisla razmatrati ovakvu vrstu racionalizacije resursa, radi povećanja efikasnosti epidemioloških mjera.
Reference
-Blic. 2020. Nema testova, ima testova, u čemu je problem? Blic, 4 July [online]. Available at: www.blic.rs/vesti/drustvo/pcr-test-korona-virus-uzice-beograddr-predrag-kon/kbb68g9 (in Serbian) [Accessed 15 July 2020].
Colbourn, C.J. & Dinitz, J.H. 2007. Handbook of Combinatorial Designs (2nd ed.). Boca Raton: Chapman & Hall/ CRC. p. 574, Section 46: Pooling Designs Ding-Zhu, Du. & Hwang, F.K. 1993. Combinatorial group testing and its applications. Singapore: World Scientific. ISBN 978-9810212933.
Dodd, R., Notari, E. & Stramer, S. 2002. Current prevalence and incidence of infectious disease markers and estimated window-period risk in the American Red Cross blood donor population. Transfusion, 42(8), pp.975-979. Available at: https://doi.org/10.1046/j.1537-2995.2002.00174.x.
Dorfman, R. 1943. The Detection of Defective Members of Large Populations. Annals of Mathematical Statistics, 14(4), pp.436-440. Available at: https://doi.org/10.1214/aoms/1177731363.
Eberhardt, J.N., Breuckmann, N.P. & Eberhardt, C.S. 2020. Multi-Stage Group Testing Improves Efficiency of Large-Scale COVID-19 Screening. Journal of Clinical Virology, 128(art.number:104382). Available at: https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104382.
-Faculty of Electrical Engineering in Banja Luka. 2020. Ukupan broj slučajeva u Republici Srpskoj. [online] Available at: https://covid19.etfbl.net/ (in Serbian) [Accessed 15 July 2020].
Gaydos, C.A. 2005. Nucleic Acid Amplification Tests for Gonorrhea and Chlamydia: Practice and Applications. Infectious Disease Clinics of North America, 19(2), pp.367-386. Available at: https://doi.org/10.1016/j.idc.2005.03.006.
Gollier, C. & Gossner, O. 2020. Group testing against Covid-19. Covid Economics, 1(2), pp.32-42 [online]. Available at: https://www.tse-fr.eu/sites/default/files/TSE/documents/doc/by/gollier/covid_economics.pdf [Accessed: 21 August 2020].
-Government of Republic of Serbia. 2020. COVID19 Statistics in Serbia [online] Available at: https://covid19.data.gov.rs/?locale=en [Accessed 25 July 2020].
-Government of Republic of Srpska. 2020. Zeljkovic: Nastavlja se trend pogoršanja epidemiološke situacije [online]. Available at: https://koronavirususrpskoj.com/nastavlja-se-trend-pogorsanja-epidemioloske-situacije/ (in Serbian) [Accessed 25 July 2020] (In the original: -Влада Републике Српске. 2020. Зељковић: Наставља се тренд погоршања епидемиолошке ситуације).
Mallapaty, S. 2020. The Mathematical Strategy That Could Transform Coronavirus Testing. Nature, 10 July [online]. Available at: https://www.nature.com/articles/d41586-020-02053-6 [Accessed 15 July 2020].
McMahan, C.S., Tebbs, J.M. & Bilder, C.R. 2012. Two-Dimensional Informative Array Testing. Biometrics, 68(3), pp.793-804. Available at: https://doi.org/10.1111/j.1541-0420.2011.01726.x.
Pfeiffer, S., Anderson, M. & van Woerkom, B. 2020. Despite Early Warnings, U.S. Took Months To Expand Swab Production For COVID-19 Test. NPR [online]. Available at: https://www.npr.org/2020/05/12/853930147/despite-early-warnings-u-s-took-months-to-expand-swab-production-for-covid-19-te [Accessed 15 July 2020].
Phatarfod, R.M. & Sudbury, A. 1994. The use of a square array scheme in blood testing. Statistics in Medicine, 13(22), pp.2337-2343. Available at: https://doi.org/10.1002/sim.4780132205.
Sanche, S., Lin, Y., Xu, C., Romero-Severson, E., Hengartner, N. & Ke, R. 2020. High Contagiousness and Rapid Spread of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2. Emerging Infectious Diseases 26(7), pp.1470-1477. Available at: https://dx.doi.org/10.3201/eid2607.200282.
White, D., Kramer, L., Backenson, P., Lukacik, G., Johnson, G., Oliver, J., Howard, J., Means, R., Eidson, M., Gotham, I., Kulasekera, V. & Campbell, S. 2001. Mosquito surveillance and polymerase chain reaction detection of West Nile Virus, New York state. Emerging Infectious Diseases, 7(4), pp.643-649. Available at: https://dx.doi.org/10.3201/eid0704.017407.
Vojnotehnički glasnik omogućava otvoreni pristup i, u skladu sa preporukom CEON-a, primenjuje Creative Commons odredbe o autorskim pravima:
Autori koji objavljuju u Vojnotehničkom glasniku pristaju na sledeće uslove:
- Autori zadržavaju autorska prava i pružaju časopisu pravo prvog objavljivanja rada i licenciraju ga Creative Commons licencom koja omogućava drugima da dele rad uz uslov navođenja autorstva i izvornog objavljivanja u ovom časopisu.
- Autori mogu izraditi zasebne, ugovorne aranžmane za neekskluzivnu distribuciju rada objavljenog u časopisu (npr. postavljanje u institucionalni repozitorijum ili objavljivanje u knjizi), uz navođenje da je rad izvorno objavljen u ovom časopisu.
- Autorima je dozvoljeno i podstiču se da postave objavljeni rad onlajn (npr. u institucionalnom repozitorijumu ili na svojim internet stranicama) pre i tokom postupka prijave priloga, s obzirom da takav postupak može voditi produktivnoj razmeni ideja i ranijoj i većoj citiranosti objavljenog rada (up. Efekat otvorenog pristupa).